A-88MKII: A-Proシリーズのように、つまみやペダル、パッドにアサインされているMIDIメッセージを変更できますか。

はい。
「A-88MKII コントロール」を使うと、各コントローラーに任意のMIDIメッセージをアサインすることができます。
※ 詳しくは『パソコンでA-88MKII の設定を変える』（PDF）をご覧ください。