A-88MKII: DAWソフトウェアと「A-88MKII コントロール」を同時に使えますか。

はい、使えます。
※ Windowsの場合は、専用ドライバーをインストールする必要があります。A-88MKII 取扱説明書「USBドライバーを選ぶ（DRIVER）」をご覧ください。